Cytoscape

Cytoscape

复杂网络分析与可视化平台Cytoscape 通过网络可视化、属性数据整合和可扩展分析 App,帮助用户研究分子与系统生物学、社会网络及其他复杂网络。平台支持多种标准网络文件格式,并可与 R、NetworkX、igraph、Pajek 和 GraphViz 等工具配合使用。

Cytoscape 页面快照
100+
第三方 Cytoscape Apps
4
页面列出的主要应用方向:生物学、社会科学、通用复杂网络分析和 App 开发
核心能力

从网络数据到可视化分析

围绕网络数据集成、可视化、统计分析和扩展开发,Cytoscape 提供适用于不同研究领域的完整工作流。

网络数据集成

可视化复杂网络,并将网络与基因、蛋白质、功能注释等属性数据整合。

复杂网络可视化

支持分子网络、社会关系网络和其他复杂网络的图形化展示,并提供示例可视化内容。

网络分析与建模

可通过 Cytoscape Apps 进行网络统计、最短路径查找、聚类和高级分析建模。

多种标准格式支持

支持多种标准网络文件格式,包括页面列出的 GraphML 等格式。

可扩展 App 开发

基于 OSGi 框架和 Java API 开发简单或复杂的 App,并通过脚本语言、CyREST 及 R 和 Python 库实现自动化。

公开动态

项目内容与版本信息

查看 Cytoscape 的版本说明、浏览器端项目和相关研究资料。

Cytoscape Web 1.0

页面提供 Cytoscape Web 1.0 入口,并介绍其在浏览器中进行网络生物学工作的相关内容。

Cytoscape Web 相关论文

页面列出 Cytoscape Web 论文,发表于 Nucleic Acids Research,提供摘要和 PDF 入口。

官方资料

文档、教程与开发入口

通过官方教程、用户文档、应用目录和开发文档了解 Cytoscape 的使用与扩展方式。

Cytoscape

从这里开始使用Cytoscape。