网络数据集成
可视化复杂网络,并将网络与基因、蛋白质、功能注释等属性数据整合。
复杂网络分析与可视化平台Cytoscape 通过网络可视化、属性数据整合和可扩展分析 App,帮助用户研究分子与系统生物学、社会网络及其他复杂网络。平台支持多种标准网络文件格式,并可与 R、NetworkX、igraph、Pajek 和 GraphViz 等工具配合使用。
围绕网络数据集成、可视化、统计分析和扩展开发,Cytoscape 提供适用于不同研究领域的完整工作流。
可视化复杂网络,并将网络与基因、蛋白质、功能注释等属性数据整合。
支持分子网络、社会关系网络和其他复杂网络的图形化展示,并提供示例可视化内容。
可通过 Cytoscape Apps 进行网络统计、最短路径查找、聚类和高级分析建模。
支持多种标准网络文件格式,包括页面列出的 GraphML 等格式。
基于 OSGi 框架和 Java API 开发简单或复杂的 App,并通过脚本语言、CyREST 及 R 和 Python 库实现自动化。
查看 Cytoscape 的版本说明、浏览器端项目和相关研究资料。
页面提供 Cytoscape Web 1.0 入口,并介绍其在浏览器中进行网络生物学工作的相关内容。
页面列出 Cytoscape Web 论文,发表于 Nucleic Acids Research,提供摘要和 PDF 入口。
通过官方教程、用户文档、应用目录和开发文档了解 Cytoscape 的使用与扩展方式。